Situada frente al edificio de la Diputación Provincial, en la calle Caballeros, se encuentra una plaza exenta que nos permite ver esta singular iglesia románica, con elementos protogóticos, desde todos sus ángulos. Y esta singularidad viene determinada por el conjunto de originales soluciones arquitectónicas empleadas y entre las que destaca: su planta de cruz latina, poco habitual en Castilla, pero que en la provincia se repite en San Miguel de Almazán y San Bartolomé de Ucero; el ábside, que cuenta con dos ventanas en lugar de una o tres como es habitual y una bóveda de gallones de inspiración morisca, además de una decoración exterior notable; la utilización de nervios góticos en la bóvedas de cañón de la cabecera sin otra función que la decorativa o la bóveda del crucero con base octogonal.

Monumento Nacional desde el primer cuarto de este siglo, San Juan de Rabanera formó parte de las primitivas iglesias cabecera de los barrios o Colaciones de la ciudad, barrios donde se agrupaban los primeros repobladores según su origen, que en este caso es Rabanera.

La torre situada sobre la cúpula del crucero original es de fábrica posterior, al igual que la capilla gótica del siglo XV-XVI. La portada que hoy vemos tampoco es la original, que está situada en el muro sur y cegada, sino que proviene de las ruinas de la iglesia de San Nicolás, trasladada en la restauración de principios de siglo. En su interior destaca la imagen del Cristo agonizante.